1. import numpy as np
2.  
3. # Sekwencje i ich dlugosci
4.  
5. sekw1 = list('GATACTA')
6.  
7. # sekw1 = list('TTTTACTGAA')
8.  
9. sekw2 = list('GATTACCA')
10.  
11. # sekw2 = list('TTACTAGGAA')
12.  
13. sekw1_len = len(sekw1)
14.  
15. sekw2_len = len(sekw2)
16.  
17. # kara
18.  
19. kara = 1
20.  
21. #przerwa
22.  
23. przerwa = 2
24.  
25. # Macierz scoringowa
26.  
27. F = np.zeros((sekw2_len + 1, sekw1_len + 1), dtype=int)
28.  
29. # Slownik porownan
30.  
31. S = {'GG': 1, 'GA': -1, 'GT': -1, 'GC': -1,
32.      'CG': -1, 'CA': -1, 'CT': -1, 'CC': 1,
33.      'TG': -1, 'TA': -1, 'TT': 1, 'TC': -1,
34.      'AG': -1, 'AA': 1, 'AT': -1, 'AC': -1}
35.  
36. #wypelnianie 1 wiersza
37. for j in range(0, F.shape[1]):
38.     F[0][j] = -j
39.  
40. #wypelnianie 1 kolumny
41. for i in range(0, F.shape[0]):
42.     F[i][0] = -i
43.  
44. #wypelnianie macierzy
45. for i in range(1, F.shape[0]):
46.     for j in range(1, F.shape[1]):
47.  
48.         literka_gura = sekw1[j - 1]
49.         literka_bok = sekw2[i - 1]
50.         literka = literka_gura + literka_bok
51.  
52.         pszekontna = F[i - 1][j - 1] + S[literka]
53.         gura = F[i - 1][j] - kara
54.         dul = F[i][j - 1] - kara
55.  
56.         F[i][j] = max(pszekontna, gura, dul)
57.  
58. print(F)
59.  
60. #sekwencje wynikowe
61. sekw1_wynikowa = list()
62. sekw2_wynikowa = list()
63.  
64. #traceback
65. i = F.shape[0] - 1
66. j = F.shape[1] - 1
67.  
68. while i != 0 and j != 0:
69.         literka_gura = sekw1[j - 1]
70.         literka_bok = sekw2[i - 1]
71.         literka = literka_gura + literka_bok
72.  
73.         pszekontna = F[i - 1][j - 1]
74.         gura = F[i - 1][j] - kara
75.         dul = F[i][j - 1] - kara
76.  
77.         F[i][j] = max(pszekontna, gura, dul)
78.  
79.         if F[i][j] == pszekontna:
80.             i = i - 1
81.             j = j - 1
82.             sekw1_wynikowa.append(literka_gura)
83.             sekw2_wynikowa.append(literka_bok)
84.         elif F[i][j] == gura:
85.             i = i - 1
86.             sekw1_wynikowa.append("-")
87.             sekw2_wynikowa.append(literka_bok)
88.         else:
89.             j = j - 1
90.             sekw1_wynikowa.append("-")
91.             sekw2_wynikowa.append(literka_bok)
92.  
93. print()
94.  
95. # print(sekw1_2_wynikowa)
96. tt = 0
97. sekw1_2_wynikowa = list()
98. for i in reversed(sekw1_wynikowa):
99.     sekw1_2_wynikowa.append(i)
100.     tt = tt + 1
101.  
102. print("".join(sekw1_2_wynikowa))
103.  
104. # print(sekw2_2_wynikowa)
105. tt = 0
106. sekw2_2_wynikowa = list()
107. for i in reversed(sekw2_wynikowa):
108.     sekw2_2_wynikowa.append(i)
109.     tt = tt + 1
110.  
111. print("".join(sekw2_2_wynikowa))