import numpy as np

#seqProtein1
sekwencja1 = []
plik1 = open('seqProtein1.fasta', "r").readlines()
for linia in plik1[1:]:
    sekwencja1 += linia.rstrip()
    print(sekwencja1)

print()

sekw1 = sekwencja1

#seqProtein2
sekwencja2 = []
plik2 = open('seqProtein2.fasta', "r").readlines()
for linia in plik2[1:]:
    sekwencja2 += linia.rstrip()
    print(sekwencja2)

sekw2 = sekwencja2

#Macierz BLOSUM
S = []
plik3 = open('blosum62.txt', "r")
S = eval(plik3.read())

print(S)

# Sekwencje dlugosci
sekw1_len = len(sekw1)
sekw2_len = len(sekw2)

# kara
kara = 4

# Macierz scoringowa
F = np.zeros((sekw2_len + 1, sekw1_len + 1), dtype=int)

#wypelnianie macierzy
for i in range(1, F.shape[0]):
    for j in range(1, F.shape[1]):

        literka_gura = sekw1[j - 1]
        literka_bok = sekw2[i - 1]

        pszekontna = F[i - 1][j - 1] + S[literka_gura][literka_bok]
        gura = F[i - 1][j] - kara
        dul = F[i][j - 1] - kara

        F[i][j] = max(pszekontna, gura, dul, 0)

print(F)

maksymalny = F[0][0]
indeks_i = list()
indeks_j = list()


#indeksy maksymalnego elementu
for i in range(1, F.shape[0]):
    for j in range(1, F.shape[1]):
        if F[i][j] >= maksymalny:
            maksymalny = F[i][j]


#znalezienie indeksu maksymalnych
for i in range(1, F.shape[0]):
    for j in range(1, F.shape[1]):
        if F[i][j] == maksymalny:
            indeks_i.append(i)
            indeks_j.append(j)


#sekwencje
sekw1_wynikowa = list()
sekw2_wynikowa = list()

#traceback
i = indeks_i[0]
j = indeks_j[0]

while i != 0 or j != 0:
        literka_gura = sekw1[j - 1]
        literka_bok = sekw2[i - 1]
        literka = literka_gura + literka_bok

        pszekontna = F[i - 1][j - 1]
        gura = F[i - 1][j] - kara
        dul = F[i][j - 1] - kara

        F[i][j] = max(pszekontna, gura, dul)

        if F[i][j] == pszekontna:
            i = i - 1
            j = j - 1
            sekw1_wynikowa.append(literka_gura)
            sekw2_wynikowa.append(literka_bok)
        elif F[i][j] == gura:
            i = i - 1
            sekw1_wynikowa.append("-")
            sekw2_wynikowa.append(literka_bok)
        else:
            j = j - 1
            sekw1_wynikowa.append(literka_gura)
            sekw2_wynikowa.append("-")

print()

# print(sekw1_2_wynikowa)
tt = 0
sekw1_2_wynikowa = list()
for i in reversed(sekw1_wynikowa):
    sekw1_2_wynikowa.append(i)
    tt = tt + 1

print("".join(sekw1_2_wynikowa))

# print(sekw2_2_wynikowa)
tt = 0
sekw2_2_wynikowa = list()
for i in reversed(sekw2_wynikowa):
    sekw2_2_wynikowa.append(i)
    tt = tt + 1

print("".join(sekw2_2_wynikowa))